研究院注册和普通的有限公司注册大区别在于股权结构，有限责任公司入资者称为股东，研究院的话两个人及以上入资称为集体所有制企业，并且集体所有制形式的研究院需要提前入资，比如你想把注册资金写为100万，那么在研究院名称核实通过后就需要开设临时账户以合伙人名义共同入资100万，在执照注册成功之前这100万是不能用的
（二）举办者、拟任主要负责人和法定代表人要亲自前来陈述申办。
（三）省社科联社团联络部要派人现场勘查拟为住所。
（四）省社科联自收到全部有效文件之日起45个工作日内，作出审查同意或不同意的决定。对审查同意的，向申请人出具批准文件；对审查不同意的，书面通知申请人，并说明理由。
（五）举办者持省社科联的批准文件前往省民政厅申请成立登记。
（六）民办社科研究机构的财务管理按照财政部《民间非营利组织会计制度》规定执行；刻制印章、开立银行帐户后，要将印章式样、银行帐号报省社科联社团联络部备案。
（七）领取了《民办非企业单位（法人）登记证书》后，要把证书的复印件、登记管理机关准予登记的文件、《民办非企业单位（法人）登记申请表》、《民办非企业单位法定代表人登记表》、《民办非企业单位专（兼）职人员备案表》、《民办非企业单位内设机构备案表》、《民办非企业单位章程核准表》交省社科联社团联络部和所在地市级社科联备案。
二、申办变更
（一）需提交下列材料：
1．由法定代表人签署并加盖公章的变更申请书（应载明变更的理由和变更事项），并附决定变更时依照章程履行程序的原始纪要（应载明会议召开的时间、地点、参加人员、作出的决议）。法定代表人因故不能签署变更登记申请书的，申请单位还应提交不能签署的理由的文件。
2．与变更事项相关的其他文件：
（1）变更我会为业务主管单位：参照《民办社科研究机构变更登记程序》；
（2）住所变更：变更后新住所的产权证明；
（3）业务范围变更：变更后的业务范围；
（4）法定代表人变更：拟任新的法定代表人（年龄不超过65周岁）简历，包括姓名、性别、民族、年龄、政治面目、目前人事关系所在单位、技术资格证明、身份证复印件、固定住所和联系方式、会计师事务所出具的审计报告；
（5）开办资金变更：变更后的会计师事务所出具的验资报告（6个月内有效）。
（6）涉及（2）（3）（4）（5）项变更时需同时提交所在地市级社科联对其变更申请签署意见的函件。
（二）在办理法定代表人变更时，拟任新的法定代表人需亲自前来办理。
（三）省社科联自收到全部有效材料之日起20个工作日内，作出同意或不同意的批复。
（四）变更后，把新的《民办非企业单位（法人）登记证书》复印件和相应的变更表格交省社科联社团联络部和所在地市级社科联备案。
三、修改章程
（一）需提交由法定代表人签署并加盖公章的核准申请书（应载明修改的理由），并附决定修改时依照章程履行程序的原始纪要（应载明会议召开的时间、地点、参加人员、作出的决议）。法定代表人因故不能签署核准申请书的，申请单位还应提交不能签署的理由的文件。
（二）章程的修改说明及修改后的章程。
（三）省社科联自收到全部有效材料之日起20个工作日内，作出同意或不同意的批复。
（四）修改后，把《民办非企业单位章程核准表》交省社科联社团联络部和所在地市级社科联备案。
四、申办注销
（一）民办社科研究机构发生《民办非企业单位登记暂行办法》第十七条规定情形，申请注销登记的，应提交下列文件：
1．由法定代表人签署并加盖公章的注销申请书（应载明注销的理由），并附决定注销时依照章程履行程序的原始纪要（应载明会议召开的时间、地点、参加人员、作出的决议）。法定代表人因故不能签署注销登记申请书的，申请单位还应提交不能签署的理由的文件。
2．依法成立的清算组织出具的清算报告（省社科联配合有关机关指导成立清算组织，完成清算工作，其间，该民办社科研究机构不得开展清算以外的活动）。
（二）省社科联自收到全部有效文件之日起20个工作日内，出具审查意见。注销登记手续完成前，省社科联将继续履行业务管理职责。
（三）注销手续完成后，被注销机构要将登记管理机关准予注销的文件和《民办非企业单位注销登记表》交省社科联社团联络部和所在地市级社科联备案。
五、年度检查
（一）民办社科研究机构每年3月31日前提交上一年度活动报告（应载明遵守法律法规和国家政策、履行登记手续、按章开展活动、人员和机构变动以及财务管理等情况）和财务报告（附资金平衡表和资产负债表）、本年度的计划及填写有关表格。省社科联自收到报告之日起20个工作日内作出初审意见。年审年度6月30日之后成立的民办社科研究机构。
（二）对年检不合格的民办社科研究机构，要责令其限期整改。