前者的性质是企业，且以营利为目的；后者的性质是事业单位，或虽为某企业所设，但以研究相关的课题为目的，即不为谋利。所以，二者无论是从性质和所为的目的皆有着根本的不同。
工商研究院办理类型
1医学中医研究院、中医医学研究院、中研究院、国际中医研究院，国际医学研究院、医学研究院、医学技术研究院
2教育教育科技研究院、教育科学研究院、教育科技院
3:工程技术工程技术研究院、信息技术研究院，
4:农业农业研究院、国际农业研究、农业研究院、农业科学研究院
5:自然科学国际自然科学研究院，自然科学研究院，生物自然科学研究院