商业特许经营备案属于行政备案而非行政许可
关于备案和许可的区别，按通俗的理解则为：备案是有备而来，有案可查；许可则是非经许可不得为之，令行禁止。这里需要对备案做进一步直观的解释，按照《商业特许经营管理条例》（下称『特许条例』）第八条的规定『特许人应当自首次订立特许经营合同之日起壹伍日内，依照本条例的规定向商务-部门备案。』只有首份特许经营合同的订立方可视为特许备案的充分条目，亦即启动程序。
按照《行政许可法》的规定，行政许可是指行政机关按照公民、法人或者其他组织的设立，经依法审查，准予其行为。但关于行政备案的法律定义却一直未能明确形成，这里采用学术研究将其界定为：行政机关依法要求公民、法人或其他组织报送行政管理相关资料，并存档备查的外部行政行为。《商业特许经营备案管理办法》（下称『备案办法』）第十五条规定了公众可通过商业特许经营信息管理系统查询到的信息范围，与备案办法第六条规定的设立备案的特许人应当向备案机关提交的资料范围进行比较，除去涉及公司商业秘密和个人隐私的资料外，公众可查询到的信息范围与公司提交的资料范围基本一致。
公众有一个误解认为只要规定了行政处罚的行政备案就应该归于行政许可或者等同于行政许可的效力。这里需要指出的是行政备案规定的行政处罚仅是对未按规定进行备案的行为而作出处罚，而不是就行政相对人的具体行为即市场经济策划作出处罚。特许条例以及备案办法中关于处罚的规定针对于特许人不备案、不如实备案以及其他违反行政管理的情形。