法律主体地位和经营后果的承担方式不同：
销售代理关系中，代理人是以委托人的名义在代理权限范围内为委托人从事经营活动，虽然代理人也是独立的主体，但除非代理合同有约定或代理人存在过错，代理人不承担代理销售活动的法律后果；特许经营合同中，被特许人与特许人是法律上相互独立的个体，被特许人以自己名义对外经营，而不是代表特许人从事经营活动，被特许人独立经营的后果即盈利与亏损也是由被特许人自行承担。
2、授权内容和获利方式不同：
销售代理合同主要针对的是具体的产品代理销售，虽然也会有商标和商号的授权使用等情况，但这种授权使用更多的是代理销售的需要，重点不在于经营资源的授权本身，一般不会因此收取授权费用，委托方是通过产品的销售来赚取收益，而代理方赚取的是销售的佣金；特许经营合同的授权对象是被特许人商标、企业标志、专利、专有技术等一系列经营资源的使用权，常具有无形性特征，特许人有义务按特许经营合同的约定向被特许人提供经营资源，并收取授权费用，即加盟费，同时向被特许人提供经营管理指导和培训等服务，并收取服务费以及其他费用。虽然特许经营中也经常存在商品的销售，但被特许人是低价进货高价销售来赚取差价，本质上属于分销，这与代理商通过销售委托人提供的商品赚取佣金是不同的。
3、经营模式控制程度不同：
特许经营合同中的被特许人需要按照特许人的统一经营模式进行经营，特许人有较强的控制权，这是因特许人需要保持统一的理念、统一企业形象、统一的管理以及统一的商品和服务，这样才有利于特许人的特许品牌的长期经营；而销售代理合同中对于经营模式的控制程度则相对较弱。
总体来说，商业特许经营和销售代理是基于不同法律关系的两种不同商业模式，具体区别如下：
1、法律主体地位和经营后果的承担方式不同：