（一）外贸新业态的市场推广困难及运营技能欠缺是跨境电商发展的主要瓶颈
跨境电商是新兴贸易模式，也是数字贸易的初始形态，这种贸易新业态借助于互联网平台实现“虚拟空间市场”的交易，在运营流程、市场推广、营销方式上都不同于传统外贸。据调查，市场推广是跨境电商发展过程中遇到的主要问题。此外，品牌建设、平台、物流、信用等问题制约着跨境电商企业的发展。运营技能不足和缺少跨境电商知识也是阻碍外贸企业转型与跨境电商企业发展重要因素。另据调查，没有开展跨境电商的外贸企业中，缺少电商人才和不了解跨境电商知识是制约其开展跨境电商业务的重要原因；其中七成的跨境电商企业渴望了解跨境电商知识，提高企业运营效益。
（二）品牌意识不强与知识产权纠纷制约跨境电商企业做大做强
商标、专利等知识产权具有地域性，没有在商品流入国（地）注册的商标、申请的专利等知识产权不受该国（地）相关法律的保护。跨境电子商务商标侵权行为影响平台和卖家在国际市场中的信誉和形象，成为跨境电子商务可持续发展的障碍。根据2017年的调查，跨境电商企业商标意识不强，仅有23%企业在国内和境外注册商标（或国际商标注册），27%的企业没有商标，43%的企业只有国内商标，其他情况占7%。这表明多数企业的品牌意识淡薄，品牌化发展的意识不强。同时，跨境电商平台对知识产权侵权的处理方式（如产品下架、律师函警告或索赔、国外法院传票或处罚、扣分、消费者差评及封在线支付帐号等），也会降低企业的商誉。
（三）市级跨境电商园区特色化定位与中小外贸企业创新模式引导的缺失，抑制区县（市）的积极性，也不利于企业化、品牌化发展
市级跨境电商园区是综试区发展的根基，《中国（宁波）跨境电子商务综合试验区实施方案》对市级园区建设缺少特色化发展的设计。《实施方案》提出建设“3456”工程，即“三大平台、四大服务体系、五大保障体系、六大创新突破”。其中对于跨境电商园区平台建设，提出优先推动市级跨境电商园区建设，增强核心要素的集聚能力，打造完整的跨境电子商务产业生态体系，但该方案对12个市级跨境电商园区的发展如何定位、如何体现园区与区域特色产业的融合等没有明确，园区建设与各区县（市）外向型产业的融合度较低，一定程度上抑制了区县（市）参与的积极性。
中小外贸企业转型及创业企业发展是宁波跨境电商发展的主力军。《实施方案》突出强调以外贸综合服务平台模式创新、海外仓备货出口模式创新和大宗商品跨境电商模式创新等推进跨境电商模式创新发展，但如何利用这些模式对已有跨境电商模式进行创新的引导，《实施方案》很少涉及，后续又缺少相应支持政策，这不利于中小跨境电商企业的转型发展。此外，对园区考核注重跨境电商规模，强化“量”的增加，忽视“质”的引导，这易出现同质化经营，重现传统贸易时代的靠铺货走量赢取利润的经营模式。
（四）现行跨境电商统计规则不能客观真实反映发展状况
目前，数据缺乏使人们很难把握跨境电商发展的概貌，对确定电子商务对国际贸易的贡献也是一种挑战。我国跨境电商处于初级阶段，如何做好数据统计正处于摸索过程。宁波跨境电商出口统计包括B2C跨境网络零售、B2C（9610）、B2B试点企业和跨境电商商务信息平台4类数据，就统计现状而言，B2B统计数据的采集体系，缺少“硬”规定，企业有一定的选择权，还没有实现交易与统计同步对接。B2B统计数据的采集是由B2B试点企业向统计系统自主申报，而B2B试点企业是由商务部门推荐，海关审核资格，然后接入跨境电商的统计体系。B2B企业有的交易是自建销售系统，有的是在第三方交易平台上销售，对于既有B2B业务也有一般贸易的B2B企业来说，其数据可能有一定的选择权。
现行跨境电商统计中主要存在数据多报、数据流失、重复上报、跨境电商口径与海关统计不一等问题。目前，数据上报主体中，跨境电商商务信息平台作为申报主体之一，由于其多是外贸综合服务平台，有的平台融综合服务与交易于一体，若是综合服务平台，委托其报关、报检及退税的出口贸易不一定是以电子商务方式达成的，需要甄别哪些贸易数据属于跨境电商。在缺少有效甄别措施的情况下，如果外贸综合服务平台或B2B试点企业把非跨境电商的数据上报为跨境电商数据，就会出现多报情况。现行数据上报主体中，缺少如阿里巴巴国际站、速卖通、亚马逊、敦煌网、ebay和wish的数据等第三方跨境交易平台的数据，许多以电子商务方式从事贸易且没有入驻外贸综合服务平台的中小微企业，又不是试点B2B企业，其贸易数据显然没有统计到跨境电商交易数据中，这样就可能出现数据的流失。如果B2B试点企业入驻跨境电商商务信息平台，则可能会出现重复上报现象。此外，除少量邮件或快件外，绝大多数跨境电商数据已纳入海关统计，但跨境电商统计与海关统计尚不完全一致，因为一些企业的个别月份会出现跨境电商数据高于海关统计数据的现象。