3、时效性太差
东南亚的交通拥堵问题仍在阻碍物流时效的提高。新加坡的货物运输时间为1.3天，泰国为1.7天，而印尼为2.0天，而马来西亚则需要2.6天。
例如，菲律宾的首都马尼拉，交通拥堵的高峰期可以长达四小时，这对菲律宾的物流派送以及其他行业的经济发展形成很大的阻碍。
4、海关政策复杂
东南亚各国海关规定不一致，不同国家的进口税制也不统一。有些国家的海关政策并不成熟，也加大了进口物流的难度。
发达国家已经在机器代替人力的情况下，东南亚还需要传统的人力来清关，效率底下，耗费的时间长，有的进口商需要25天才能完成清关。
5、物流依赖人力
除了少数的大公司使用机器分拣包裹之外，大部分的物流公司都是靠人力手工来筛选包裹。包括在打印面单的时候，甚至还用笔去在纸上或者盒子上写面单，再用透明胶带黏在箱子上。这种传统的操作方法对物流效率造成了很大的影响。