B2B占跨境电商业务模式主流。跨境电商分为B2B、B2C、C2C三种模式。其中B2B占比较大，但B2C配送更有时效性，第三方支付更及时，服务售后更便捷，且有平台作为担保，发展更迅猛，涌现出了天猫国际、网易考拉等一大批采用B2C模式的跨境电商企业。
多种支付方式共同发展。目前，跨境电商B2B主要以信用证、银行转账等线下模式进行。B2C模式主要使用线上支付，第三方支付工具得到了广泛应用。在借助银行跨境收付款方面，多家银行推出了各具特色的一站式综合金融服务。在第三方支付方面，已有支付宝、财付通、汇付天下等多家境内支付机构获得了跨境支付、跨境人民币支付试点资格。境外第三方支付机构也积极与我国展开合作，如美国第三方支付系统PayPal与银联开展了合作，方便境内商家和个人全球收款的服务。
政府各项扶持政策逐步完善。早在2013年，商务部、海关总署等八部委印发《关于实施支持跨境电商零售出口有关政策的意见》，为发展跨境电商指明了方向。自此，国务院相关部委纷纷出台跨境电商行业的配套政策，制定了涵盖海关、检疫、外汇、税收、支付、物流等各方面的政策体系，建立了涵括便利通关、检验检疫、结汇、退税等方面的跨境电商政策法规。
2015年，国务院批准杭州设立跨境电商综合试验区；2016年，国务院批准上海、成都、深圳等12个城市新设跨境电商综合试验区；同年3月财政部联合海关总署和税务总局发布了《关于跨境电子商务零售进口税收政策的通知》，实行跨境电商零售进口新税制；2018年7月，国务院批复在北京、呼和浩特等22个城市新设一批跨境电商综合试验区；2018年9月，财政部、税务总局等四部委联合发文明确了免增值税和消费税的货物名单。
在外汇管理方面，为规范和推进跨境电商发展，外汇局于2013年发布了《关于开展支付机构跨境电子商务外汇支付业务试点的通知》，同意在上海、北京、深圳等地区开展试点，允许试点支付机构为电子商务客户办理跨境收付汇和结售汇业务。2015年发布了《关于开展支付机构跨境外汇支付业务试点的通知》，提高试点业务单笔限额至等值5万美元以下；并将试点区域扩展至全国；同时将审批权限由总局下放至分局层面。
从跨境电商通关模式看，目前我国共有“一般出口”、“特殊区域出口”、“直购进口”、“网购保税进口”四种跨境电商通关模式，其中，网购保税占据主导。网购保税进口模式因“大货入区、清单验放”的操作，极大提升了物流配送时效与商品溯源渠道，得到电商企业与消费者的欢迎。据海关统计，2018年上半年，全国网购保税进口额256亿美元，同比增加21.3%。