展望未来，中国-东盟的跨境电商前景广阔，同时也面对诸多挑战。
从前景看，中国和东盟各国政府不断出台政策来推动跨境电商的发展。今年我国政府工作报告提出，要加快发展外贸新业态新模式，充分发挥跨境电商作用，支持建设一批海外仓。6月，中国人民银行发布了《关于支持外贸新业态跨境人民币结算的通知》，将完善跨境电商等外贸新业态跨境人民币业务相关政策，把“海外仓”纳入经常项下跨境人民币结算服务对象的市场交易主体中。东盟各国也将认真落定2021年12月生效的东盟《电子商务协议》。在政策红利下，中国与东盟的电商平台和进出口企业巩固和延展产品的供应链与服务链，将为跨境电商发展与合作提供坚实的底部支撑。
同时，新冠疫情客观上催生了“宅经济”（线上经济），中国与东盟的跨境电商合作有望继续享受消费者偏好转移的红利。东南亚六国（越南、泰国、菲律宾、马来西亚、新加坡、印度尼西亚）新增了4000万网络用户，一些原本的线下消费自然迁移到线上，其中教育（55%）、信贷（44%）和杂货食品（47）等都是增长较快的行业。而且，这六国有94%的消费者有望将新的线上消费习惯维持下去。
更为重要的是，RCEP的生效将为区域跨境电商合作打开新的篇章。随着RCEP的正式生效，亚洲跨境电商市场将享受到巨大的制度红利和开放红利。RCEP文本的第十二章聚焦电子商务，缔约方应“共同帮助中小企业克服使用电子商务的障碍”。在贸易便利化章节下对无纸化贸易和电子认证、电子签名，在为电子商务创造有利环境章节下对线上消费者保护以及线上个人信息保护等均做出规定。这与近年来全球数字治理大趋势保持一致，显示出RCEP是更高标准的国际贸易协定。除了大力推动电子商务外，RCEP第十二章还专门提到“促进跨境电子商务”，这对各国的跨境电商发展是一个重大利好。RCEP将推动跨境电商降低进出口成本，更好地整合区域内的产业链和价值链。
当然，中国与东盟跨境电商的发展与合作也面临诸多挑战。
首先，新冠疫情延宕、俄乌冲突和全球通胀给跨境物流和海外仓建设带来很大冲击，影响跨境电商发展与合作。近两年，跨境电商直发业务所依赖的国际小包货运和邮政寄送业务成本上升，时间延迟；海外仓建设则遇到供货不足和后续服务跟不上等问题，制约了跨境电商业务的快速发展。从大型跨国快递企业（如DHL）的报价来看，从东南亚国家寄送到中国的私人包裹（1公斤）的报价在600~1000元的区间，耗时约12天，中国邮寄到东南亚国家的报价在1000元左右。2022年，全球邮政资费相比2020年涨幅超过40%。
其次，多国对跨境电商的数字贸易税收等政策仍存在不确定性。尽管2021年G20（二十国集团）和OECD（经合组织）推动全球达成了“双支柱”国际税收协定，但一些东盟国家是否会放弃数字税或开征其他类型的数字税仍面临不确定性。近期WTO（世界贸易组织）第12届部长级会议（MC12）终就延长“跨境电商”的关税豁免期限达成一致，但印度、印尼、南非为代表的发展中国家提出，长时期关税豁免的受益者是数字经济的发达经济体和大型跨国数字平台，发展中经济体损失了每年或达数十亿美元的关税收益。