为了保证基因芯片数据的可靠性，芯片中还需加.上多个持家基因(housekeeping genes)作为内对照。持家基因，如呼吸作用的酶类和细胞骨架蛋白基因等，是维持细胞正常生长发育的必须基因，上海蛋白固定，其表达水平在细胞内基本不变。处理数据时，认为持家基因的反应信号在两种组织中不变，蛋白固定修饰，依此确定其他基因表达信号的相对值。
该方法的主要优点是可以用很少的步骤合成极其大量的探针阵列。例如，合成 48 （ 65536 ） 个探针的 8 聚体寡核苷酸序列仅需 4 × 8=32 步操作， 8 小时就可以完成。而如果用传统方法合成然后点样，那么工作量的巨大将是不可思议的。同时，用该方法合成的探针阵列密度可高达到 106/cm2 。不过，尽管该方法看来比较简单，实际上并非如此。
目前， 在医学研究中 ， 数据分析方法在总体上分为两大类:无监控集簇分析和有监控集簇分析。前者比较单纯的从数学角度按照基因表达的相似性将基因分组 ， 这有助于发现新的目的基因或提供新的疾病信息 ， 如新的分型 、 影响预后的因素等。后者需要结合现有的知识进行分析， 适用于疾病归类。这对于传统诊断手段是一个有益的补充。
另外，蛋白固定处理， 在目前进行的许多微阵列芯片研究中，每次研究的基因数目很大 ， 而参与实验的样本量较少。这一现象不利于得到稳定的和具有良好可重复性的实验结果。
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