专线物流虽然存在较多优点，能够极大地满足平台内中小企业的物流运送需求，然而，也不可避免地存在一些缺陷和问题，具体体现在：专线物流覆盖范围有限，通常只针对于欧美国家以及新开拓的俄罗斯地区。而且一些专线物流企业所能控制的物流区域也相对有限，通常只能负责国内，国外部分则由地方的邮政公司负责，这样就容易出现由于双方工作交接不畅而导致的运送延误问题。而且通常专线物流不受理退货事件。
汇率波动带来的风险我国的跨境电商企业在开展*贸易的时候以往都是按照美元的汇率进行交易，但是由于汇率制度的改革变化，我国跨境电商企业遇到了严重的汇率波动风险，且这种汇率波动风险是长期的、具有无法预测性。针对汇率波动对跨境电商造成的风险可以简单的概括为汇率上升，人民币就升值，同时也会限制跨境出口，而汇率下降，人民币则贬值，同时刺激跨境出口。在汇率波动的影响下，我国跨境电商企业一直处于被动状态中。
成本相对高昂通过上文对跨境电商的模式分析可以看出，国际小包和国际快递的运费比较高。如国际E邮宝，以及D HL、FedEx、U PS、TN T等。虽然时效能够保证，但运费居高不下。如果卖家相应提高商品售价，与国外产品竞争时则丧失价格优势。
网络风险跨境电商通过网络支付进行出易，进出易需要机构提供跨境支付业务才能顺利进行，交易过程存在很多网络安全问题，主要包括以下两种形式。*种形式是支付风险。 通过第三方完成出易需要提供跨境支付业务，目前我国跨境电商很多，例如财付通、支付宝和 Paypal 等，其中有些可能存在经营不合理的情况，交易过程中可能会有很大的风险。