其中物流体系至关重要，但因涉及跨境，则需面临*为严格的海关监审等流程，需要认识到国家或地区之间由于经贸发展整体实力的差异性，跨境电商需要密切关注该部分问题，做好前期的目标出口市场调查，在确保货物质量能够顺利流通的同时，也需要将物流优化放到重要位置。
跨境物流企业可以借助网络信息平台对海外物流业务进行系统平台管理，既可以缩短从收货到发货中间过程的时间，也减少了人工成本。跨境物流企业在应用信息化平台时，就算物流业务量增加，也能够确保其工作准确有效的进行开展，可以使物流企业的经济效益得到了*好的保障。科学合理的运用网络智能技术平台管理，能够使物流企业获得*大的发展机会。
这导致双方在经营模式上出现了一定的矛盾。现在的跨境电商同物流企业没有有效的商定沟通，使商品因物流配送产生的问题所产生的纠纷越来越多，消费者购物体验变差，严重影响了跨境电商的销售 。
如果有一方的发展要求没有得到满足，就会导致运营的某一环节出现延误问题，从而让跨境电商和物流企业在消费者心中留下不好的形象。与此同时，还有一些货物存在被海关扣押的风险，一旦货物在海关处被滞留就会产生仓库租赁费用，这使跨境物流成本进一步增加。