由于尚未形成主流技术，生物芯片的形式非常多，以基质材料分，广东功能涂层芯片，有尼龙膜、玻璃片、塑料、硅胶晶片、微型磁珠等；以所检测的生物信号种类分，有核酸、蛋白质、生物组织碎片甚至完整的；按工作原理分类，有杂交型、合成型、连接型、亲和识别型等。由于生物芯片概念是随着人类基因组的发展一起建立起来的，所以至今为止生物信号平行分析成功的形式是以一种尼龙膜为基质的“cDNA阵列”，用于检测生物样品中基因表达谱的改变。折叠
原位合成法主要为光引导聚合技术，它不仅可用于寡聚核苷酸的合成，也可用于合成寡肽分子。光引导聚合技术是照相平板印刷技术（ photolithography ）与传统的核酸、多肽固相合成技术相结合的产物。半导体技术中曾使用照相平板技术法在半导体硅片上制作微型电子线路。固相合成技术是当前多肽、核酸人工合成中普遍使用的方法，功能涂层芯片的处理方法，技术成熟且已实现自动化。二者的结合为合成高密度核酸探针及短肽阵列提供了一条快捷的途径。
与其他芯片制作技术相比较，功能涂层芯片原理，微珠芯片具有如下优势:
(1) 密度高微珠芯片的点样密度是原位光合成法的16倍，喷点法的100倍，接触式点样的400倍。
(2)测试重复性好鉴 于超高密度的特点，微珠芯片中每个样品都能保证约30个重复，从而保证测试的高重复性、高重复串以及高可靠性。
(3)定制方便若需要在已完成的芯片中增加测试点或新基因，只要合成相应的微珠加入到微珠混合池中即可。
(四)基因芯片数据分析
基因芯片分析包括五个基本步骤:生物学问题、样品制备、生物化学反应、检测、数据模型分析。基因芯片数据分析包括两部分，数据可靠性分析和生物学意义分析。
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