土壤中添加蘑菇渣能改变土壤有机质含量、腐殖质含量，改善土壤结构，促进土壤团粒结构的形成，提高土壤的肥力。在柑桔、苹果、梨、葡萄等水果园内将菌渣深施后掩埋，可起到改良果园土壤，提高水果品质的作用，而且肥效持久，经济实惠。同时也可作为蔬菜基肥。
利用蘑菇渣发酵后进行小白菜小区试验，结果表明，蘑菇渣制成的有机肥有助于改善小白菜生物学性状，小白菜的叶片、叶柄长度和叶片宽度等性状优于常规处理，且小白菜产量增产11.2％，叶绿素含量提高9.3％，可溶性糖含量提高3.9％，营养品质得到改善。
蘑菇渣不发酵直接施用行吗?直接施用不腐熟的菇渣或者自然腐熟不好，求购蘑菇渣，施用后会在地里腐熟，对作物造成烧根烧苗现象，低水分蘑菇渣，不腐熟的菇渣菇棒含有细菌杂菌，施用后不但改善不了土地的微生物环境和营养成分，甚至会造成农作物的病害烂根、死根等现象。新鲜米糠营养与通气性均远优于陈旧米糠。2、拌匀。把物料充分搅拌均匀。3、碳氮比。发酵物料的C/N比例保持在30-40，PH值调节到6～8为好，同时为了破坏物料表面的蜡质层，可以加适当比例的石灰水，蘑菇渣加工厂，具体用量根据物料实际情况调整(即物料的表层部分的含量多少而定)。4、水分。发酵物料的水分应控制在60～65%。水分判定:手抓一把物料，见水印但不滴水，落地即散为宜。水少发酵慢，水多通气差，可根据物料实际情况具体把握。
可以用发酵剂发酵蘑菇渣用来做肥料的，操作方法如下：
1、1～1.5吨成品有机物料(鲜料约2.5～3.5吨)加1公斤发酵剂，混拌发酵即可。但碳/氮（即C/N）较高、较难发酵的树皮、锯末、稻壳等物料，山东蘑菇渣，应适当增加用量，每吨物料用2公斤发酵菌剂，发酵剂应该经过稀释。
2、本发酵菌剂是好（耗）氧性微生物，故应加大供氧措施，做到勤翻，拌匀为宜。否则会导致厌氧发酵，影响效果。
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