主要原因是，合成反应每步产率比较低，安徽环氧基处理，不到 95% 。而通常固相合成反应每步的产率在 99% 以上。因此，环氧基处理原理，探针的长度受到了限制。而且由于每步去保护不很，致使杂交信号比较模糊，信噪比降低。为此有人将光引导合成技术与半异体工业所用的光敏抗蚀技术相结合，以酸作为去保护剂，使每步产率增加到 98% 。原因是光敏抗蚀剂的解离对照度的依赖是非线性的，当照度达到特定的阈值以上保护剂就会解离。所以，该方法同时也解决了由于蔽光膜透光孔间距离缩小而基因芯片引起的光衍射问题，有效地提高了聚合点阵的密度。另据报导 ，利用波长更短的物质波如电子射线去除保护可使点阵密度达到 1010/cm2 。
基因芯片技术由于同时将大量探针固定于支持物上，环氧基处理厂家，所以可以一次性对样品大量序列进行检测和分析，从而解决了传统核酸印迹杂交（Southern Blotting 和 Northern Blotting 等）技术操作繁杂、自动化程度低、操作序列数量少、检测效率低等不足。而且，通过设计不同的探针阵列、使用特定的分析方法可使该技术具有多种不同的应用价值，如基因表达谱测定、实变检测、多态性分析、基因组文库作图及杂交测序等。
2.APES(3-氨丙基-乙氧基)
APES必须现用现配。用此方法黏合的玻片应垂直烤片而不能水平烤片，环氧基处理公司，否则，组织片中易出现气泡。 APES的使用方法:用50倍稀释(APESl份、49份混合)，将洗净的玻片放人稀释好的APES中，停留20~30秒，取出稍停，再人纯或蒸馏水中涮去未结合的APES。置通风橱中晾干即可。注意用APES防脱片处理的载玻片捞片时组织应一步到位.并尽量减少气泡存在，以免影响染色结果。注意不要将APES与其他防脱混合使用。
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