目前β-胡萝卜素主要从甘薯、胡萝卜中提取，然而即使是含β-胡萝卜素较高的品种，其β-胡萝卜素含量也非常低，仅约40mg/kg，且纯化工艺复杂。采用微生物发酵，β-胡萝卜素可在菌体干重中累积达到5%～10%，因此具有重要的研究意义。
无论是从胡萝卜还是微生物中提取β-胡萝卜素，目前的工艺主要是采用提取。由于β-胡萝卜素在食品工业领域常用的中溶解度很小，因此需要使用大量的溶剂进行萃取。有β－胡萝卜素的常用提取方法是将发酵液过滤得到的湿菌丝体进行细胞破壁 ，固液分离后用脱水剂脱水 ，然后用溶剂提取β－胡萝卜素 ，提取液经结晶、真空干燥后得到β－胡萝卜素晶体。该方法使用了提取过程中需要使用大量的，不仅能耗、生产成本高，且溶剂难以分离，成品晶体中溶剂残留浓度高，可能产生食品安全的风险。
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