自然界许多原料中含有很多有益的微生物，但这些原料一旦施入土壤中，其中的微生物会被土壤中无数的微生物吃掉。因而，不能在土壤中稳定成活，其效果也难以表现出来。但是，如果先将有益加到发酵后的发酵有机肥料里，发酵有机肥料本身是扩大培养基，生态有机肥哪里可以买，从而使细菌大量增殖。这时再将微生物有机肥料施入土壤中，很快在土壤形成优势种群，对作物的根系能起到良好作用。发酵有机肥料对发挥微生物活性具有良好作用。
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生物有机肥中的特定功能微生物。特定功能微生物是指能利用土壤中有机质为碳源、空气中二氧化氮为氮素，西双版纳生态有机肥，大量生长繁殖的固氮菌；能分解固结在土壤或土壤母质中磷、钾元素的解磷菌与解钾菌；能够拮抗土传病原菌生长、繁殖的有益菌。生物有机肥一般每克含特定量功能微生物，生态有机肥价格，施入土壤后，地温达25-35℃、PH值5.5-8.5、土壤持水量50-70%、无杀菌剂残留的适宜条件下，其固氮菌、解磷菌、解钾菌、抗病菌约20分钟繁殖一代，呈几何级数增长。
调节微生物区系，改善土壤微生态系统。腐熟的有机肥中含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有机肥还含有固氮菌、硅酸盐细菌、溶磷菌、光合细菌和假单胞菌等一些有益菌，这些微生物除了具有产生大量活性物质的能力外，还具有固氮、溶磷、解钾的能力，有的还具有抑制植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生态环境的能力。此外，生物有机肥施入土壤后，能够调节土壤中微生物的区系组成，使土壤中的微生态系统结构发生有益改变。
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