按照芯片上的探针对微阵列芯片进行分类，有核酸芯片、蛋白质芯片和组织芯片等，目前应用泛的是核酸芯片，基因芯片报告，核酸芯片又有两种类型，分别是cDNA微阵列和寡核苷酸微阵列。
cDNA基因文库由PCR产物组成，为双链结构，长度一般在数百至数千碱基对，因而芯片的杂交条件对每个基因不能保证是的，假阳性率较高，基因芯片检查，因此，判定cDNA微阵列的终结果时，有必要对筛选出的基因进行测序。在应用cDNA微阵列进行研究时，一般需要提供一个对照样本，将其与需要研究的标本给予不同的标记，将二者灯亮混合后共同注入芯片进行孵育。扫描后得到的原始数据是各个单元格中信号强度的比率。
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目前已有多种方法可以将寡核苷酸或短肽固定到固相支持物上。这些方法总体上有两种，即原位合成（ in situ synthesis ）与合成点样两种。支持物有多种如玻璃片、硅片、聚膜、纤维素膜、尼龙膜等，但需经特殊处理。作原位合成的支持物在聚合反应前要先使其表面衍生出羟基或氨基（视所要固定基因芯片的分子为核酸或寡肽而定）并与保护基建立共价连接；作点样用的支持物为使其表面带上正电荷以吸附带负电荷的探针分子，通常需包被以氨基硅烷或多聚赖氨酸等。
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