戊二醛常用于石油化工、造纸等领域的水处理，作为杀菌剂常与其他药剂复配，也可单独使用。戊二醛作为水处理剂有以下优点：水溶液本身可生物降解，不会造成新的污染；毒性低，2%戊二醛水溶液，其LD50(小白鼠口服)为12.6mL/kg，接近无毒化学品水平；pH值使用范围宽；能与任何比例与水互溶；本身不会对设备腐蚀。次投加戊二醛的量一般为100～150mg/L，工业戊二醛定制，时间大约维持4～6周，水变清澈后，可以减少戊二醛的投加量，一般维持在50mg/L的水平。
以戊二醛为杀菌剂，考察其杀菌性能、对金属的腐蚀性及与其阻垢缓蚀剂的配伍情况，结果如下。当混合异养菌浓度为5.4×108个/L时
戊二醛是重要的饱和直链脂肪簇二元醛，尽管有许多关于戊二醛毒性的报道，但戊二醛的交联在临床上的应用具有许多优点且已经被接受。虽然戊二醛在制药工业以及生物医学领域被广泛使用，但是它的毒性、刺激性和对环境的污染是不容忽视的。
戊二醛在工业上有着广泛的应用，首先，它是快速、、广谱的杀菌剂，广泛应用于石油化工、造纸、金属加工、油田注水等领域，戊二醛也还是有机合成的中间体，工业戊二醛，制革工业中的鞣革剂，蛋白质交联剂。
由丙烯醛与乙烯基环合为2-乙氧基-3，4-二氢吡喃加入反应锅内，密闭搅拌1h，静置半小时，即得戊二醛溶液，将乙醇蒸出，使成25%溶液。或加碳酸氢钠中和，以饱和，然后用提取2次，回收后，减压蒸馏，收集75-81℃（2kPa）馏分，工业戊二醛供货商，获得纯的产品。另外，将还原成二氢，再用羟胺处理得到戊二肟，后用钠和盐酸使戊二肟反应为戊二醛。该法转率可达90%。
将计量的水、浓盐酸和2-乙氧基-3，4-二氢吡喃加入反应锅内，密封搅拌1h，静置0.5h，即得戊二醛溶液，将乙醇蒸出，得25%的戊二醛溶液。
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