由于性质不同，其报关程序各异。
运输工具如船舶、飞机等通常应由船长、机长签署到达、离境报关单，交验载货清单、空运、海运单等单证向海关申报，作为海关对装卸货物和上下旅客实施的依据。
进出口商向海关报关时，需提交以下单证：
1、进出口货物报关单。
一般进口货物应填写一式二份;需要由海关核销的货物，如加工贸易货物和保税货物等，应填写报关单一式三份;货物出口后需国内退税的，应另填一份退税报关单。
2、货物。
要求份数比报关单少一份，对货物出口委托国外销售，结算方式是待货物销售后按实销金额向出口单位结汇的，出口报关时可准予免交。
3、陆运单、空运单和海运进口的提货单及海运出口的装货单。
海关在审单和验货后，在正本货运单上签章放行退还报关员，凭此提货或装运货物。
4、货物装箱单。
其份数同。
但是散装货物或单一品种且包装内容一致的件装货物可免交。
5、出口收汇核销单。
一切出口货物报关时，应交验外汇管理部门加盖“监督收汇”章的出口收汇核销单，并将核销编号填在每张出口报关单的右上角处。
6、根据海关对出口商品的条件，还须提供相应证明，如商检证、出口许可证、熏蒸证等。
7、代理报关委托书。
8、出口货物明细单。
9、海关认为必要时，还应交验贸易合同、货物产地证书等。
10、其它有关单证。
包括：
(1)经海关批准准予减税、免税的货物，应交海关签章的减免税证明，北京地区的外资企业需另交验海关核发的进口设备清单;
(2)已向海关备案的加工贸易合同进出口的货物，应交验海关核发的“登记手册”。
出口报关放行：
1、对于一般出口货物，在发货人或其代理人如实向海关申报，并如数缴纳应缴税款和有关规费后，海关在出口装货单上盖“海关放行章”出口货物的发货人凭以装船起运出境。
2、出口货物的退关：申请退关货物发货人应当在退关之日起三天内向海关申报退关，经海关核准后方能将货物运出海关场所。
3、签发出口退税报关单：海关放行后，在浅黄色的出口退税报关单上加盖“验讫章”和已向税务机关备案的海关审核出口退税负责人的签章，退还报关单位。
出口报关查验是指海关在接受报关单位的申报并已经审核的申报单位为依据，通过对出口货物进行实际的核查，以确定其报关单证申报的内容是否与实际进出口的货物相符的一种方式。
1、通过核对实际货物与报关单证来验证申报环节所申报的内容与查证的单、货是否一致，通过实际的查验发现申报审单环节所不能发现的有无、伪报和申报不实等问题。
2、通过查验可以验证申报审单环节提出的疑点，为征税、统计和后续管理提供可靠的依据。
海关查验货物后，均要填写一份验货记录。
验货记录一般包括查验时间、地点、进出口货物的收发货人或其代理人名称、申报的货物情况，查验货物的运输包装情况(如运输工具名称、集装箱号、尺码和封号)、货物的名称、规格型号等。
需要查验的货物自接受申报起1日内开出查验通知单，自具备海关查验条件起1日内完成查验，除需缴税外，自查验完毕4小时内办结通关手续。
在我国每天大约出口价值1.5亿美元的货物，出口核销退税每延迟一天，要给广大客户造成很大损失。
如何加快出口核销退税速度呢？在单证操作方面重要的一点是正确填写出口报关单。
报关单的有关内容必须与船公司传送给海关的舱单内容一致，才能顺利的核销退税。
对海关接受申报并放行后，由于运输工具配载等原因，部分货物未能装载上原申报的运输工具的，出口货物发货人应及时向海关递交《出口货物报关单更改申请单》及更正后的箱单、提单副本进行更正，这样报关单上内容才能与舱单上内容一致。
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