箱涵内淤积物多为泥状，且有结板硬化现象，常规工具无法清淤，不能截流施工，必须带水施工，箱涵内集存大量有毒、易燃气体，施工作业有一定 危险，给箱涵清淤带来了一定的难度。
箱涵清淤采取以下保护措施，清淤安全作业:
1、箱涵清淤下沟工作必须楼梯上下，下沟操作人员必须戴口罩、戴手套、穿水裤，配备氧气袋。
2、除机械操作外其他下箱涵清淤作业人员工作1小时后必须上地面休息15分钟以上再下箱涵内施工作业。
3、安排专人负责安全和警戒，避免发生一切安全生产事故。人与水库必须与水库管理人员密切联系，清淤期间不得开闸放水。配备对讲机一套，方便箱内施工人员和警戒进行即时沟通 。
4、为了确保作业人员安全，辟免意外发生，配备20个氧气袋。
5、箱涵淤泥是多年沉积的，经过工具的搅动可能会产生大量的有毒有害气体，配备一套送风设备把新鲜的空气送至工作地点。为防止风管被杂物挤压破坏影响使用功能，需要用大于风管直径的PVC管 把风管套住，在
套管接头部位用钢筋焊成架子把套管架空。
6、安装风管和套管时，施工人员需要配戴防毒供氧设备，开始清淤前需提前1个小时开始进行送风把原箱涵里面可能含的有害气体排干净，施工人员进入前进行检测空气中的氧含量，氧含量达不到要 求不得开始施工
作业。氧含量检测方法，施工前放活体动物进入箱涵工作面30分钟后取出，查看其生命体征。
7、由于涵内黑，潮湿，施工人员进入涵洞施工需配备安全电压的照片明灯