长期零申报的风险包括：
影响信用等级：按照《国家税务总局关于明确纳税信用管理若干业务口径的公告》(国家税务总局公告2015年第85号)规定，“非正常原因一个评价年度内增值税或营业税连续3个月或者累计6个月零申报、负申报的，不能评为A级。”
发票减量：如果企业长期零申报且持有发票，则发票将被税务机关降版降量，还需定期到税务机关进行发票核查。通过核查，税务机关按照相关规定采用成本费用公示核定纳税人收入。
严重者需承担法律责任：按照《中华人民共和国税收征收管理法》第六十四条的规定：纳税人、扣缴义务人编造虚假计税依据的，由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。一旦被税务机关认定为偷逃税行为，需要承担相应的法律责任。税务机关和相关部门，会依法对当事人采取联合惩戒和管理措施。
营业执照可能被吊销：长期零申报，公司的电子税务局将会被锁定，如果3～6个月不解锁，则会被纳入税务系统黑名单，面临着吊销执照的风险。
因此，长期零申报存在一定的风险，建议合规进行税务申报。