原位杂交技术（in situhybridization）是以标记的核酸分子为探针，在组织细胞原位检测特异核酸分子的技术。使含有特异序列、经过标记的核酸单链即探针，在适宜条件下与组织细胞中的互补核酸单链即靶核酸发生杂交，再以自显影或细胞化学方法对标记探针进行探测，从而在细胞原位显示特异的DNA或RNA分子。
可以检测cRNA、miRNA、LnRNA、DNA。可以各种种属的标本，原位杂交技术，包括哺乳动物、爬行动物、菌、植物标本。也可以检测组织芯片。
核酸原位杂交可根据其检测物而分为细胞内原位杂交和组织切片内原位杂交；根据其所用探针及所要检测核酸的不同又可分为DNA-DNA， RNA-DNA， RNA-RNA杂交。但不论哪种杂交都必须经过组织细胞的固定，预杂交，杂交，原位杂交试剂，冲等一系列洗步骤及自显影或酶法显色以显示杂交结果。
我们在这儿介绍的是整胚原位杂交，不同于一般的在载片上对细胞和组织切片进行探针杂交及检测的原位杂交，
原位杂交技术方法大致可分为：1.杂交前准备，包括固定、取材、玻片和组织的处理，如何增强核酸探针的穿透性、减低背景染色等；2.杂交；3.杂交后处理；4.显示（visualization）：包括性自显影和非性标记的显色。固定原位杂交组织化学技术在固定剂的应用和选择上应兼顾到三个方面：保持细胞结构，原位杂交，限度地保持细胞内DNA或RNA的水平；使探针易于进入细胞或组织。DNA是比较稳定的，mRNA是相对稳定的但易为酶合成和降解。RNA却绝然不同，非常容易被降解。因此，对于DNA的定位来说，固定剂的种类和浓度并不十分重要。相反，在RNA的定位上，如果要使RNA的降解减少到低限度，那么，不仅固定剂的种类浓度和固定的时间十分重要，而且取材后应尽快予以冷冻或固定。
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