马德里注册商标的缺点：
（1）注册国家的局限性马德里联盟成员国偏重于欧洲国家，一些同我国贸易联系密切的国家，诸如加拿大、新西兰、阿根廷、巴西、科威特、阿联酋及东南亚泰国、印度、马来西亚、菲律宾等目前还不是成员国，我国企业无法通过马德里国际注册途径在这些国家取得商标注册。
（2）要求以国内申请注册为基础国际注册必须以国内商标申请注册为基础，申请必须基于相同商标的国内注册或初步申请公告，因此，在申请的时间上有一定的限制。申请人到国外申请注册商标主要有两种途径：一种是逐一国家注册，即分别向各国商标主管机关申请注册；一种是马德里商标国际注册。
商标注册证有哪些法律效力
有下列行为之一的，均属侵犯注册商标专用权：
（一）未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标的；
（二）未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标近似的商标，或者在类似商品上使用与其注册商标相同或者近似的商标，容易导致混淆的；
（三）销售侵犯注册商标专用权的商品的；
（四）伪造、擅自制造他人注册商标标识或者销售伪造、擅自制造的注册商标标识的；
（五）未经商标注册人同意，更换其注册商标并将该更换商标的商品又投入市场的；
（六）故意为侵犯他人商标专用权行为提供便利条件，帮助他人实施侵犯商标专用权行为的；
（七）给他人的注册商标专用权造成其他损害的。