马德里体系里每个指定缔约方主管局将对马德里国际注册进行实质审查，国际注册商标在指定缔约方领土内是否受到保护，取决于每一指定缔约方的国内法律。每一指定缔约方主管局可以在12个月或者18个月内，对申请人的商标给予或拒绝保护。如果通过马德里国际注册进入某国被全部或部分拒绝保护（驳回）申请人的商标，针对驳回决定，申请人可以根据有关立法直接向当国商标局提出复审。
马德里商标注册进入中国被驳回了怎么办通过马德里国际注册进入中国被全部或部分拒绝保护（驳回）申请人的商标，如果申请来源国是两个条约（《马德里协定》和《马德里议定书》）的成员国，发出驳回通知的期限是12个月；如果只是议定书成员，则为18个月。如果申请人收到了中国商标局的驳回通知书和WIPO发出的通知，可以直接向中国商标局提出复审。
驳回复审期限：以WIPO的通知书上所记载的通知时间起算30天，不可延长。以下图为例，该申请的驳回复审期限为2019年4月25日起30天。
驳回复审材料：进入中国商标局网站—表格下载—下载下图中的01和02申请书，要注意的是必须委托中国的代理机构做驳回复审，当然也必须缴纳相应的驳回复审费用。2 马德里商标注册进入印度被驳回了怎么办发出驳回通知时限：18个月（意思是，如果在正式进入印度当局实质审查期间，18个月内未收到印度当局的驳回通知，则自动视作商标被印度当局接受）答复驳回时限：1个月，自收到驳回通知之日起算。提交方式：答复必须通过电子系统或电子邮件（madrid.tmr@nic.in）在线提交。值得注意的是，申请人必须指定一名当地代表（代理组织）答复驳回通知，答复不需支付费用；如答复未被接受，则进入听证会。可以使用TM56表格（延长时间请求）提交延长时限的请求，要求延长需500印度卢比。通过马德里指定的国家进入到实质审查阶段被驳回，其程序一般与该国单一申请程序一致，所以，更多关于印度审查程序的内容可参阅印度商标注册流程3 马德里商标注册进入美国被驳回了怎么办发出驳回通知时限：18个月答复驳回通知时限：自USPTO将审查意见传送至WIPO之日起6个月。提交方式：可在线电子也可邮寄纸质，答复必须以英文提交。持有人无需指定当地代表做答复，答复复不需要支付费用。如答复不被接受，申请人仍可以对驳回提出复审/上诉，申请人必须在最终驳回发出之日起六个月内提交上诉通知并缴纳申诉费。更多关于美国审查程序相关内容可参阅注册美国商标如何审查
关于马德里国际申请被驳回的情况，知元只是列举了中国、印度、美国三个国家。如果想了解更多其他国家，可以进入WIPO官网查看各成员国的马德里国际商标申请程序。