被列入经营异常的公司是没有办法注销的。
首先要搞清楚公司被列入经营异常的原因，然后去改正。比如是否地址异常、是否没报工商年报补报年报等等。
改正后被移除经营异常，公司处于开业状态，这时才可向市场监督管理局申请注销，进入注销流程。
重点是去相关税务部门开具税务清税证明。
至于已开出的100多万普票，大概率是在免税范围之内，不用缴税的。如果存在欠交增值税，还需要补缴增值税及相应的附加税。如涉及企业所得税、印花税等税费，也要补交。
可能存在税务没有按时申报的情况，也是需要补申报，最后才能开出清税证明。
大概流程是：移除经营异常→提交注销申请→税务清税证明→完成注销