排污许可证的办理流程如下：
申请：当事人携带相关材料向环境相关的行政部门进行申请。
受理：行政机关决定受理或不予受理行政许可申请。
审查：行政机关应当对申请人提交的申请材料进行审查。
批准：行政机关作出准予或不予行政许可的决定。
领取证书：申请人领取排污许可证。
在办理过程中，需要准备以下材料：
排污许可证申请表。
自行监测方案。
由排污单位法定代表人或者主要负责人签字或者盖章的承诺书。
排污单位有关排污口规范化的情况说明。
建设项目环境影响评价文件审批文号，或者按照有关国家规定经地方人民政府依法处理、整顿规范并符合要求的相关证明材料。
排污许可证申请前信息公开情况说明表。
污水集中处理设施的经营管理单位还应当提供纳污范围、纳污排污单位名单、管网布置、终排放去向等材料。
重点污染物排放总量控制指标的说明材料。
法律法规规章规定的其他材料。
以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因各地要求而有所不同，建议咨询相关部门获取具体信息。