全自动医用PCR分析系统属于第三类医疗器械，需要按照相关规定申请医疗器械注册证等审批手续后才能上市销售。
办理全自动医用PCR分析系统的注册证需要满足以下条件：
已按照有关规定取得企业工商登记。
已确定申报产品为第三类医疗器械。
已编制完成拟申请产品的医疗器械产品技术要求，并已通过预评价。
在申请全自动医用PCR分析系统的注册证时，需要准备以下资料：
第三类医疗器械注册证资料及生产许可资料（如适用）。
产品说明书、技术规格、制造工艺流程、材料清单、质量控制文件等。
临床试验报告（如适用）。
生产许可证明（如适用）。
其他相关文件和资料。
全自动医用PCR分析系统的注册证办理流程如下：
准备申请资料：根据上述要求准备相关文件和资料。
网上/窗口递交材料：将准备好的申请资料通过网上或窗口提交给国家药品监督管理部门。
受理：国家药品监督管理部门对申请资料进行受理。
审查与批准：国家药品监督管理部门对申请资料进行审查和批准。
制证与发证：如果申请被批准，国家药品监督管理部门将颁发全自动医用PCR分析系统的注册证或生产许可证。