申请注册马耳他商标的主要流程为：申请一审查一核准发证一注册公告。
申请递交后2周左右受理。审查员将对申请进行形式审查和实质审查。形式审查主要审查申请要求和分类信息是否符合规定；实质审查包括对商标显著性、是否违反禁注禁用条款以及是否与在先商标形成冲突的审查。审查不能通过的将会下发驳回通知书并要求申请人在驳回通知书载明的时限内予以答复，实质审查通过的，可获准注册并颁发注册证。顺利的情况下，马耳他商标注册目前需要1年左右；如遇到驳回，时间将会大大延长。
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