ISO9001管理体系认证分为初次认证、年度监督审核和复评认证等，具体流程如下：
一、初次认证
1、企业将填写好的《认证申请表》连同认证要求中有关材料报给公司。收到申请认证材料后，会进行合同评审，符合要求后签订认证合同。
2、认证机构根据合同评审结果，按规范要求组成现场审核组；
3、审核组长在现场审核前将审核组组成和审核计划正式发给企业确认。现场审核分一二阶段进行，除非非常简单的产品和过程，如纯销售公司等，一阶段可以非现场审核，一般都要进行两个阶段的现场审核。按照现行法规规定，审核计划需提前报国家认监委。
4、现场审核组依据标准、组织适用的法律法规和其它要求、组织的手册、程序等体系文件，对受审核组织贯彻执行标准的情况的情况审核取证。其中第.一阶段审核的目的是了解组织管理体系的策划、建立和运行情况，初步确定审核范围，评价是否具备实施二阶段审核的条件；验证管理体系是否符合认证标准并有效运行,以决定推荐认证注册等。一二阶段具体的审核具体工作安排，即审核计划，是依据上述的审核目的确定。审核人日数是根据的规模的确定，ISO及国家认监委均有相应的人日数规定，现场审核的人日数必须符合要求，审核方为有效。
5、审核组根据企业申请材料、现场审核所收集到的审核证据，对照审核依据，得出审核发现，并对所有审核发现对照分析得出审核结论，撰写审核报告
6、对于现场审核中发现的不符合，企业应在规定的时间内进行原因分析，并采取纠正措施。对于纠正措施经审核组验证合格后，连同现场审核记录，审核报告等资料一并提交提交认证机构技术委员会审查。
7、认证机构收到技术委员会审查意见后，汇总审查意见，报认证机构总经理批准发证。
8、认证组织按合同规定交纳认证费用。
9、认证机构向认证合格企业颁体系认证书，在相关网站进行公告，并同时上报国家认监委网站。
10、获证企业如有特殊印制要求，应向认证机构提出申请并备案。
11、现场审核严重不满足要求，审核组可以得出不予推荐认证注册、暂缓推荐认证注册等结论。也可以中途停止审核，作撤场处理。
二、年度监督审核
年度监督审核每年一次，两次监督审核时间之间多不得超过12个月。
1、认证机构根据企业认证证书发放时间，制订年检计划，提前向企业下发年检通知。
2、企业按合同要求缴纳年度监督管理费；
3、认证机构组成审核组；
4、审核组长在现场审核前将审核组组成和审核计划正式发给企业确认；
5、审核组按计划进行现场审核工作。
6、审核组根据现场审核所收集到的审核证据，对照审核依据，得出审核发现，并对所有审核发现对照分析得出审核结论，撰写审核报告
7、对于现场审核中发现的不符合，企业应在规定的时间内进行原因分析，并采取纠正措施。对于纠正措施经审核组验证合格后，连同现场审核记录，审核报告等资料一并提交提交认证机构技术委员会审查。
8、审核合格，认证机构，如北京世标认证中心，继续保持认证注册资格，发给监督审核结果通知书等
9、现场审核严重不满足要求时，可以撤消、暂停认证组织的认证注册资格。
三、再认证
证书3年到期的企业，应重新填写《认证申请书》，如与认证中心签订再认证合同，进行再认证审核。除审核不分一二阶段外，其它认证程序同初次认证。
