磁控胶囊式内窥镜系统的注册证办理需要按照国家药品监督管理部门的相关规定进行申请。以下是一般的办理流程：
确定产品分类：磁控胶囊式内窥镜系统属于医疗器械，需要根据国家药品监督管理部门的规定进行分类。
准备申请材料：根据国家药品监督管理部门的要求，准备完整的申请材料，包括产品技术要求、产品说明书、质量管理体系文件、生产工艺流程图等。
提交申请：将申请材料提交给国家药品监督管理部门，并缴纳相应的注册费用。
技术评审和现场检查：国家药品监督管理部门将对申请材料进行技术评审和现场检查，包括对磁控胶囊式内窥镜系统的安全性、有效性、质量等方面的评估和验证。
审核结果：经过技术评审和现场检查后，国家药品监督管理部门将审核结果通知申请人，如果申请获得批准，将颁发医疗器械注册证。