境外投资备案的办理流程如下：
核准和备案管理：对于需要核准的境外投资项目，需要提交申请书、投资主体情况、目标企业名称、投资金额及来源、股权结构、经营范围及期限、投资具体内容等资料。对于需要备案的境外投资项目，需要提交《境外投资备案表》、企业营业执照复印件等资料。
申请流程：首先，企业需要通过商务部门的“境外投资管理系统”按要求填写打印《境外投资申请表》，并加盖印章。其次，企业需要准备投资合同等相关文件。对于需要并购的境外投资项目，还需要提交《境外并购事项前期报告表》。最后，将所有资料提交给商务部门进行审核。
审核流程：商务部门对提交的资料进行审核，对于需要核准的项目，商务部门会在收到申请之日起7个工作日内出具审查意见，对于需要备案的项目，商务部门会在5个工作日内进行备案。
注意事项：在办理境外投资备案时，需要注意以下几点。首先，企业需要按照要求准备相关资料，确保信息的真实性和准确性。其次，企业需要遵守相关法律法规和监管要求，确保投资行为合法合规。最后，在办理过程中，企业可以咨询专业律师或相关机构的意见，以保障自身利益。
总之，办理境外投资备案需要按照相关规定提交申请和所需资料，并遵守相关法律法规和监管要求。