各地特许经营备案审核流程差异
不同省市对特许经营备案的审核流程存在较大差异：
部分省市审核流程为由区/县商务局—市商务局—省商务局或商务委进行审核
部分省市由市商务局—省商务局或商务委进行审核。
部分省市由省市商务厅或商务委直接进行审核
部分省市在完成线上审核后需再提交线下材料。
部分省市需先提交线下材料再进行审核。
部分省市在完成线上审核后需对直营店或总部进行考察。
因为特许经营备案审核流程的差异，从而导致完成备案审核的时间也存在较大差异。
02、各地商业特许经营备案材料审核要求差异
因商务部已经将备案审核权利下放至各省市，各省市因各自实际情况制定相应的特许经营备案审核指南，从而导致各省市在备案材料要求和审核上存在较大差异。
如部分省市需提供两店一年证明材料，部分省市需提供房产证明、房租缴纳证明、经营流水、社保缴纳证明等，部分省市对特许人和直营店信息变更进行严审。
因材料要求的差异，致使审核工作量不同而导致完成备案审核的时间也存在较大差异。
03、特许经营备案备案资料的完整性
根据《商业特许经营管理条例》、《商业特许经营备案管理办法》以及各省市特许经营备案审核指南，特许人提交的备案资料不完备的，将予以退回补充，直至所有资料符合要求为止。
因此，若提交的资料存在问题，将延长审核完成时间，且退回次数越多，所耗费的时间越长。
04、所在地主管部门特许经营备案审核经验
部分区/县或市作为第一级审核部门，在先无特许经营备案审核经验，审核部分需向上级单位请求指导，并对相关工作进行研究和安排部署，在此情况下，需等待第一级审核部门相关答复后才能进行下一步工作，且工作流程具有不确定性。
05、特许经营备案审核部门工作内容繁重
商务主管部门对商业特许经营备案进行审核非专人专岗进行审核，相关部门和审核人员需同时处理多项工作，审核工作需根据相关工作的轻重缓急依次进行处理，工作内容越多，所需审核时间越长。
06、所在地特许经营备案政策的调整
随着所在地特许企业的增加，会给当地的招商加盟营商环境带来变化，尤其是相关诉讼和投诉的增加，将引起所在地审核政策的调整，在新的政策落地前，可能会导致暂时无法就已提交的商业特许经营备案申请进行审核，因此无法保证在条例和管理办法规定的时间内完成审核。