如果是境内自然人，而且没有享受个人所得税减免税优惠的话；那么在申请代开增值税普通发票时需要代扣代缴1.5%的个人所得税。
一、个人申请开普通发票，依照税收法律、行政法规规定应当缴纳税款的，应当先缴纳税款，再代开。个人应缴纳的增值税，由国税机关征收；个人应缴纳的城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加，由国税机关代征。
二、个人取得应税所得，扣缴义务人未按照规定履行扣缴义务的，个人可以直接到各区地方税务局、各分局所属的纳税服务厅办理纳税申报，依法缴纳税款。
三、个人办理开普通发票手续，应持申请人和经办人的合法身份证件原件，并提交以下资料：
1、开普通发票申请表1份（适用个人申请代开，附件1)。
2、开普通发票付款方书面确认证明1份（附件2)
3、个人委托他人经办人办理开普通发票申请手续的，应同时提交授权委托书1份。
以上就是关于自然人开普票要交个人所得税的相关内容，希望我的回答能够对你有所帮助。
法律依据
《中华人民共和国个人所得税法》
第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。