1.口岸环节。进口企业如实申报进口冷链食品的相关信息，海关部门根据制定的风险监测计划，加强对进口冷链食品的检测工作。检测结果为阳性的，按规定作退运或销毁处理。检测结果为阴性的，海关部门组织指导督促查验场地经营者或进口企业，对进口冷链食品的集装箱内壁、货物外包装实施消毒。消毒完成后，消毒单位出具该批货物业经消毒的证明。未在口岸环节消毒的进口冷链食品按规定放行后，在后续环节予以消毒。
2.冷链运输和出入库环节。进口冷链食品在从集装箱卸货换装至国内运输工具时，货主或其代理人对货物包装实施消毒。进口冷链食品运输过程中，承运企业不得开箱，在国内运输段交通运输管理部门要督促指导冷链物流企业严格查验海关通关单证，落实运输车辆船舶等装载运输装备消毒、一线工作人员个人防护等措施。冷库接受进口冷链食品时，应如实记录并核对集装箱号及铅封号，做好货物的出入库记录，相关资料和记录应至少留存2年。
3.流通环节。对从口岸放行的进口冷链食品，在社会冷库或企业冷库倒箱过车、入库存储前，相关生产经营单位查验货物所附的消毒证明，如未消毒，则在掏箱卸货时，对该批货物的集装箱内壁、货物外包装实施消毒。消毒完成后，消毒单位出具该批货物业经消毒的证明。生产经营单位对需打开外包装的货物的内包装实施消毒。
4.市场环节。进口冷链食品销售市场要加强管理，规范市场卫生环境，做好销售场所的日常消毒工作。要严格落实防控要求，加强进口冷链食品是否消毒的相关证明查验工作，防止未经过预防性全面消毒处理的进口冷链食品进入市场。进一步完善追溯管理，做到所有进入市场的进口冷链食品来源可查、去向可追。
进口冷链食品的口岸消毒方式方法由海关确定，进口冷链食品入境后的消毒方式方法由地方人民政府按照《冷链食品生产经营过程xinguanbingdu防控消毒技术指南》及有关规定确定。