医疗软器械流水线应包含清洗、消毒、干燥、检查、折叠、包装、灭菌、储存、发放，建筑面积不少于2000平方米。应至少设置感染管理、质量与安全管理、工程技术管理、信息管理等职能部门，且人员配备、分区布局、设备设施及管理等方面也有高要求。
人员设置
至少有1名具有消毒供应管理经验的副及以上技术职务任职资格的护士。
至少有1名具有5年以上医院感染管理经验的护士。
至少有3名具有3年以上消毒供应工作经验的护士，其中1名具有中级及以上技术职务任职资格。
至少有2名消毒员，按规定取得相应上岗证。
至少有2名专职的工程技术人员，具备相应知识及5年以上相关工作经验。
具有与开展业务相适应的其他技术人员及其他工作人员 。
注：此处人员设置为企业层面要求，若企业同时设立医疗硬器械或软式内镜，则无需根据业务种类另行独立配备。
分区布局
应设立主要功能区、辅助功能区、管理区。
主要功能区：去污区，检查、折叠、包装及灭菌区，无菌物品存放区及配送物流专区等；
辅助功能区：集中供电、供水、供应蒸汽和清洁剂分配器、医疗废物暂存处、污水处理场所、集中供应医用压缩空气、办公及更衣、休息生活区等；
管理区：质量和安全控制（包括检验室）、医院感染控制、器械设备、物流、信息等管理部门。