三类医疗器械经营许可证办理方式如下：
（1）申请人提交申请资料到相关部门；
（2）相关部门受理申请人的申请；
（3）到实际场地进行勘察以及对产品进行审核；
（4）准予颁发三类医疗器械许可证。
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局递交材料:
5、材料通过审核后领取营业执照
6、还需要办理医疗器械经营许可证，医疗器械经营许可证现为后置审批，工商行政管理部门发给营业执照后申请审批，《医疗器物经营企业许可证》有效
期为5年，这也是医疗器城公司注册的难点之一，需要办理特殊的资质审批。
医疗器材经营许可证申请流程:
(一)申请
申请人持申报资料向省，自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门提出申请，
(二)受理
电指资料技限食品药元公务管理局政务大厅，经审查，申话二项有法量千本部门责范电，申报资制符合机定些庆的，予以零理，并十展《四理请知书》
对申报资料存在可以当场更正的错误的，允许申请人当场更正，对申报资料不齐全或不符合要求的，在5个工作日内发给申请人《补正资料通知书》，一次性告知
申请人品要扑正的全部内容:申请事项优法不属于本部门职专范围的，出具《不予要理通知书》