爱沙尼亚的税收体系属于属地税制，主要由国家税和地方税两部分组成。
国家税主要包括所得税、社会税、土地税、博彩税、增值税、关税、消费税、 重载汽车税等，主管部门为税收和海关委员会。
地方税主要包括销售税、船税、广告税、机动车税、家用宠物税、娱乐税、 停车费等，由市镇等地方政府管辖。地方政府也可以按照有关法律规定， 将地方税的管辖权通过合同形式授予税收和海关委员会管理。
爱沙尼亚不征收赠予税、继承税、房产税，各类交易根据国家收费标准征收印花税。
1、 企业所得税：对企业经营活动中获得的收入与支出之间未分配的利润免征所得税，这部分资金用于 投资再生产。但如果将此利润对股东或投资者进行分红，或是以赠与、补 贴、物质资助、转移支付等方式分配这些利润，则需缴纳20%的所得税。 外国公司（包括分支机构）在利润分配或汇出时要交纳20%的所得税。
2、 个人所得税：爱沙尼亚的个税起征点为500欧元， 养老金个人缴款比率是报酬的2%。
3、 增值税：一般商品和服务的增值税率为20%；图书、演出票、旅店服务、部分 药品和医疗用品、殡葬用品和服务，以及危险垃圾处理的增值税税率为9%；出口商品的增值税税率为零。
4、 社会税：在爱沙尼亚注册的公司雇主（包括外国实体的永 久性公司），除法律 规定的特殊免税措施以外，只要有雇员，就要交纳支付给雇员工资总额33% 的社会税（20%的养老金和13%的医疗保险）。
5、 失业保险税：2020年失业保险是雇员总工资的1.6%。除此之外，雇主还需按雇员月工资总额的0.8%支付失业保险费。
6、 消费税：主要针对烟、酒、电力、燃油和包装物五大类、若干小类商品，分别按国家制定的税率征收，并不断调整。
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