之前的文章已经对Label Free和iTRAQ技术的原理进行了简单的介绍，那么Label Free和iTRAQ技术各自有什么特点，在实际操作中又该怎么选择呢？本篇文章我们就来谈谈Label Free和iTRAQ技术各自的优缺点，为科研工作者的选择提供一些参考依据。
Label Free优点
（1）不需要对蛋白质进行标签标记，样品前处理程序简单；
（2）实验成本较低，投入产出比较高；
（3）不受样本限制，且通量相对较高；
（4）可鉴定泛素化修饰定量组学。
Label Free缺点
（1）样本之间不能直接混合，可能造成富集不平行，质谱重复性低，导致定量的结果准确性较低；
（2）需要对原始数据进行复杂的预处理才能提取离子信号强度信息。
iTRAQ优点
（1）修饰肽段的富集是各组标记、混合后同时进行的，数据重现性好，灵敏度高，定量结果较准确；
（2）对样品要求量低，且不受样品来源限制。
iTRAQ缺点
（1）需要使用同位素标签，实验成本较高；
（2）通量较Label Free 低，一次性Z_U_I多只能检测10种样品；
（3）在标记过程中可能会引起蛋白结构变化，产生相应的实验误差。
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