当事人在解决专利申请权权属纠纷时，通常有三种解决方法：
一、自行协商解决
自行协商解决应当是当事人**的方法，其有以下优点：一、当事人自行协商，可减少矛盾激化的几率，最小成本地化解争议;二、可适当减少当事人为解决纠纷所投入的人力和财力;三、协商解决可能是最有效率的解决问题的途径。
二、请求管理专利工作的部门调解
当事人不愿协商或者协商不成的，也可以请求管理专利工作的部门调解。
根据《专利行政执法办法》的规定，请求管理专利工作的部门调解专利纠纷的，应当提交请求书。请求书应当记载以下内容：(一)请求人的姓名或者名称、地址，法定代表人或主要负责人的姓名、职务，委托代理人的，代理人的姓名和代理机构的名称、地址;(二)被请求人的姓名或名称、地址;(三)请求调解的具体事项和理由。
管理专利工作的部门收到调解请求书后，会及时将请求书副本通过寄交、直接送交或者其他方式送达被请求人，要求其在收到之日起15日内提交意见陈述书。如果被请求人提交意见陈述书并同意进行调解，管理专利工作的部门会及时立案，并通知请求人和被请求人进行调解的时间和地点。被请求人逾期未提交意见陈述书，或者在意见陈述书中表示不接受调解的，管理专利工作的部门不予立案，并通知请求人。
当事人因专利申请权权属纠纷请求调解的，可以持管理专利工作的部门的受理通知书请求国家知识产权局中止该专利申请的有关程序。
经调解达成协议的，当事人应当持调解协议书向国家知识产权局办理恢复手续;达不成协议的，当事人应当持管理专利工作的部门出具的撤销案件通知书向国家知识产权局办理恢复手续。自请求中止之日起满1年未请求延长中止的，国家知识产权局自行恢复有关程序。
三、向人民法院提起起诉
除了自行协商解决和请求专利管理部门调解之外，专利申请权人或者利害关系人可以向人民法院起诉。起诉应注意以下几点：
1.应向省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院和最高人民法院指定的有管辖权的法院起诉。
2.专利申请权纷的诉讼时效是从权利人知道或者应当知道之日起两年。一般认为，发明专利申请的公布日视为当事人应当知道之日。
3.应准备充足的证据。