在水污染侵权案件中，如果评估机构无法合法评估损失或其评估结果存在争议，法院会考虑其他证据和专家意见来做出判决。以下是可能的做法：
证人证言：法院可能会听取受害方、目击者或相关专业人士的证言，以了解事发时的情况和损失的程度。
相关证据：法院会考虑提交的其他证据，例如照片、视频、报告、记录等，以帮助确定损失的程度和价值。
专家意见：法院可能会聘请专业领域的专家，例如环境科学家、水污染专家或经济评估师，就损失进行评估和提供专业意见。
公众权益保护：水污染案件通常涉及公众利益和环境保护问题。法院可能会考虑社会公众的利益和环境损害的重要性，以作出公正的判决。
*终的判决将由法院根据涉案事实、适用的法律和相关证据综合考虑做出。法院会根据各种证据的可靠性、**性和合理性来评估损失，并依法判决相应的赔偿金额或采取其他救济措施。
值得注意的是，具体的法律程序和判决方式可能因国家或地区而异。建议需要做评估请联系 正联坤彊第三方评估咨询。