消毒供应中心为医院内部各种无菌物品的供应科室，承担着可重复使用的诊疗设备、器具和物品集中回收、清洗、消毒、包装、灭菌和供应的功能。消毒供应中心用水主要集中在去污区和灭菌区，为了防止灭菌区使用的压力蒸汽灭菌器结垢，原水硬度不大于7dH（Cao 70mg/L），其蒸汽制取水应采用软水和纯水（水质要求：脱盐率≥99.2%，25℃条件下电导率≤15US/cm）。
由于消毒供应中心相关消毒设备涉及到了蒸汽和高温水，排水温度在94℃左右，因此在排水管材料应选择耐高温的金属管道，且不能直接排入室外排水系统中，应先接入室外降温池后方可经院区污水处理站集中处理达标后，排入市政排水管网。消毒供应中心的无菌品存放区，属于洁净用房，医院院感管控要求，规定此功能区域内不能设置地漏、洗手池且不允许排水管道穿越。