上海食品经营许可证办理流程如下：
1、首先填写好食品经营许可证的申请表。
2、准备法人身份证复印件、从业人员身份证复印件和健康证。然后制定食品安全管理制度。
3、绘制店铺的平面图。提交缴纳税费单据证明，证实自己所使用的水是正规自来水公司提供的。
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4、到当地市场监督管理局提交如下资料：
（1）《食品流通许可申请书》；
（2）《名称预先核准通知书》复印件；
（3）与食品经营相适应的经营场所的使用证明；
（4）负责人及食品安全管理人员的身份证明；
（5）与食品经营相适应的经营设备、工具清单；
（6）与食品经营相适应的经营设施空间布局和操作流程的文件；
（7）食品安全管理制度文本；
（8）省、自治区、直辖市工商行政管理局规定的其他材料。
5、资料提交成功之后，市场监督管理局会安排人员来看场地。
6、检查通过后，在一定时间内通知申请人来领取食品经营许可证。