海关备案申请流程如下：
（一）注册为系统用户。
目前知识产权海关保护备案申请都应当通过“知识产权海关保护系统”提交电子申请。备案申请人在提交备案申请前首先要注册为系统用户，系统用户应当以知识产权权利人的名义进行注册，填写用户信息并提交海关总署审核，审核通过后获取用户授权。成功后系统会以电子邮件通知申请人；
（二）录入并提交备案申请数据。
注册用户登录保护系统后，应按照相关提示在申请新备案窗口内填写申请备案的知识产权和其他相关信息，同时上传有关附件，附件大小不能超过系统限制，文件的格式为pdf格式，图片格式须为JPG或者BMP，有关附件及图片应当清晰完整。有关备案申请信息填写完整后，点击提交即可以成功向海关总署递交申请。
（三）获得审核结果。
申请人提交申请后，可随时登录系统查询海关总署审核其申请的情况。海关总署将自收到申请人提交的电子申请之日起30个工作日内做出核准或者驳回申请的决定。海关总署核准或者驳回备案申请，将通过电子邮件通知申请人。
（四）缴纳备案费。
在保护系统中录入缴纳的备案费信息。缴纳备案费金额必须是800的倍数，且在汇款备注栏内填写保护系统用户账号名称。
（五）确认备案费。
海关总署财务根据银行流水确认汇款信息，汇款信息确认后，用户账户的账户余额会增加相应的汇款金额。
（六）备案生效。
当审核结果为审批通过且账户余额大于等于800元时，备案自动生效。生效后，系统会通过电子邮件通知用户。
海关总署对备案申请的审核的时间是多长？
海关总署自收到电子申请文件之日起30个工作日内作出是否准予备案的决定，并书面通知申请人；不予备案的，同时告知不予备案的理由。