中药院内制剂的办理流程通常包括以下步骤：
准备申报材料：制剂部门需要准备备案材料，包括制剂方案、原料来源及质量证明、制剂工艺、质量控制标准等信息。这些信息需要详细阐述中药制剂的组方、制备工艺、质量标准、稳定性研究等内容。同时，还需要准备相关的申报材料，如药品注册申请表、药品说明书和包装标签样稿、药学研究资料、药理毒理研究资料、临床试验资料等。
提出申请：制剂部门向医疗机构质量管理部门提交备案申请，附上备案材料。申请人需要将准备好的申报材料提交至所在地省、自治区、直辖市（食品）药品监督管理部门或者其委托的设区的市级（食品）药品监督管理机构。
备案审查/形式审查：医疗机构质量管理部门接收制剂部门的备案申请并进行审查。审查内容包括制剂方案的合理性、原料的来源和质量、制剂工艺的可行性、质量控制标准的合规性等。同时，省、自治区、直辖市（食品）药品监督管理部门或者其委托的设区的市级（食品）药品监督管理机构对申报资料进行形式审查，符合要求的予以受理；不符合要求的，应当自收到申请材料之日起5日内书面通知申请人并说明理由，逾期未通知的自收到材料之日起即为受理。
现场检查（如有需要）：如有需要，医疗机构质量管理部门可派遣相关专家进行现场检查，以确保中药制剂的制备过程符合相关要求。
备案批准/技术审评：制剂部门根据医疗机构质量管理部门的意见，对备案申请进行修改和完善。修改完善后，制剂部门再次向医疗机构质量管理部门提交备案申请。医疗机构质量管理部门重新进行审查，如通过，则予以备案批准，并将备案批准书发放给制剂部门，并在备案登记册上做相应记录。同时，省、自治区、直辖市（食品）药品监督管理部门应当在收到全部资料后40日内组织完成技术审评，符合规定的，发给《医疗机构制剂临床研究批件》。
需要注意的是，中药院内制剂的办理流程可能因地区和机构而有所不同。在实际操作中，建议咨询当地相关部门或机构，以获取具体的办理流程和要求。此外，由于中药制剂的特殊性，还需要遵守相关的中药管理法规和规定，确保中药制剂的安全性和有效性。