医疗器械三类经营许可证办理流程具体如下：
1、到工商局办理营业执照，注册为企业，可以是法人企业、非法人企业、个人独资企业、合伙制企业等，个体工商户不可以办理备案凭证；
2、然后到质监局办理组织机构代码证；
3、后到国家食品药品监督管理总局网站用组织机构代码注册一个帐号，网上申报；
4、网上申报《医疗器械备案申请表》需要提交的电子材料，其中加*为必需项。
医疗器械三类经营许可证办理材料具体如下：
1、营业执照和组织机构代码证复印件；
2、法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、学历或者职称证明复印件；
3、组织机构与部门设置说明；
4、经营范围、经营方式说明；
5、经营场所、库房地址的地理位置图、平面图、房屋产权证明文件或者租赁协议（附房屋产权证明文件）复印件；
6、经营设施、设备目录；
7、经营质量管理制度、工作程序等文件目录；
8、计算机信息管理系统基本情况介绍和功能说明；
9、经办人授权证明；