深圳湾两地车牌有以下通行限制：
一、通行口岸限制
深圳湾两地车牌一般只能在深圳湾口岸通行。目前部分口岸之间的通行限制有所放宽，但在常规情况下，不能随意在其他口岸进出境，如不能在皇岗口岸、文锦渡口岸等使用深圳湾车牌通行。
二、通行时间限制
与深圳湾口岸的开放时间相关，深圳湾口岸的通关时间为每日 06:30 至 24:00。在这个时间段以外，车辆不能使用两地车牌通过该口岸。
部分特殊情况如口岸进行临时管制、维修等，可能会限制通行时间，需关注相关通知。
三、车辆及人员要求
车辆必须符合两地的车辆检验标准和规定，保持良好的车况和合法的改装状态。不符合规定的车辆可能会被限制通行或要求整改后才能通行。
驾驶人员需持有符合要求的驾驶证及相关通行证件，且必须遵守两地的交通法规。如果驾驶人员存在违规行为，可能会面临处罚并影响车牌的正常使用。
四、用途限制
深圳湾两地车牌主要用于商务往来、跨境运输等特定用途，不能用于非法营运等活动。
两地车牌车辆的行驶范围一般也有一定限制，在内地需遵守内地相关交通法规对车辆行驶区域的规定。在香港同样需按照香港的交通法规在规定区域行驶。