出口化工原料海运到南苏丹，需要注意以下几点：

1. 办理出口手续：包括货物报关、商业发票、出口许可证等手续。

2. 了解目的港进口规定：南苏丹对某些化工原料的进口可能有一定限制，需要了解目的港的进口规定，以免出现货物被拒收的情况。

3. 确认包装标准：出口的化工原料需要符合联合国危险品规则的包装标准，保证运输过程中的安全。

4. 标注标签：在货物包装上标注危险品的标签和标识，包括UN号、危险等级等。

5. 选择可靠的货运公司：选择可靠的货运公司负责货物海运，确保货物能够安全抵达目的地。

6. 确认付款方式：在与海运公司签订合同前，需要确认货款的付款方式，以免出现不必要的损失。