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苏州办理第二类医疗器械备案的流程及费用如下：

签署合同：申请人签署合同后，支付预付款。公司查名：申请人需提供公司相关证件材料，在当地工商部门进行查名。准备材料：申请人需按照要求准备好相关证件材料，并递交到当地药监局进行审批。递交申请材料：申请人将填好的申请表和相关证件材料一并递交到当地药监局，并领取受理通知书。

通过药检局检查：申请人的申请材料将由药监局进行审批，如果审批通过，将会获得《医疗器械经营许可证》。注册资金到位：如果申请人的公司是属于有限责任公司的类型，则需要出具验资报告，并将注册资金缴纳到指定的账户上。获得营业执照：如果申请人的审批通过，将会领取到营业执照。获得组织机构代码证：如果申请人的公司已经办理了营业执照，还需要去相关机构申请办理组织机构代码证。获得税务登记证：如果申请人的公司已经办理了营业执照和组织机构代码证，还需要前往当地税务局申请办理税务登记证。交付材料、支付余款：*后，申请人需要将申请材料交付给药监局，并支付应缴纳的费用，才能完成整个二类医疗器械备案流程。

以上就是苏州办理第二类医疗器械备案的整个流程，具体所需费用要根据所在地区的不同而有所差异。建议您在办理前先咨询相关部门，了解详具体的费用和流程。