北京亦庄学校工厂园区排水排污许可证办理的流程如下：

准备相关资料：包括企业基本情况、排污情况、排污许可证申请表、环境影响评价报告、工商营业执照等。

提交申请材料：将填好的申请表格和相关证明材料提交给北京市生态环境局。

审核材料：北京市生态环境局会对申请人提交的材料进行审核，包括对企业的排污能力和环保设施的审核。

现场检查：审核通过后，北京市生态环境局会安排现场检查，确保企业符合环保要求。

颁发许可证：现场检查通过后，北京市生态环境局会颁发排水排污许可证。

在办理过程中，需要注意以下几点：

确保申请材料齐全和符合要求，避免出现被驳回申请的情况。

提前了解许可条件和审批流程，做好相应的准备和配合工作。

积极配合现场检查工作，采取必要的措施进行改进和整改。

耐心等待审批结果，如果遇到疑难问题，可以积极与相关部门或代办服务机构沟通解决。

对于北京亦庄学校工厂园区排水排污许可证办理过程中的疑难问题，可以寻求代办机构的帮助。这些代办机构可以提供的咨询和代理服务，帮助您快速解决问题，顺利获得许可证。如果您需要代办服务，可以咨询相关的代办机构或人士获取具体信息和服务。