在亦庄办理排水排污许可证时，可能会遇到以下疑难问题：

排放标准不达标：企业的排水水质可能不符合国家或地方规定的排放标准，需要进行整改和提升。

排放量过大：企业的排水量可能超过了允许的排放量，需要进行合理的规划和调整。

排放口设置不合理：企业的排水口位置和数量可能不符合规定，需要进行重新规划和设置。

缺乏有效的监测方案：企业可能缺乏有效的监测方案，无法及时掌握排水水质和排放情况。

环保设施建设不完善：企业可能没有建设完善的环保设施，无法满足排放标准要求。

缺乏的环保技术人员：企业可能缺乏的环保技术人员，无法保证排水系统的正常运行和维护。

面临政策变化和调整：随着环保政策的不断变化和调整，企业需要不断适应和调整自身的排水系统和管理方式。

以上问题只是一些可能遇到的疑难问题，具体情况还需要根据当地或相关机构的要求和标准进行具体分析和解决。建议在办理前咨询当地或相关机构，以获取准确的办理流程和要求。